А никак он их не хранит - у него ж нет команд работы с 16-разрядными данными, ну кроме что сохранения регистровых пар в стек (и в стеке именно младший байт хранится по младшему адресу). Так что как компилятор (а на асме - сам программист) решил - так они и хранятся...
А если учесть, что для старичка на асме писали куда больше, то... :)