Не претендуя на исчерпывающий ответ:
филиал заплатит налоги, связанные с фактом начисления и выплаты зарплаты (предполагаю, что там созданы рабочие места): ЕСН, НДФЛ, пенсионные взносы.
А вообще сейчас позиция МНС такова, что игровые автоматы филиала должны стоять на учёте по месту нахождения филиала.