EEPROM как раз пофик скорее всего... Но бинарник и впрямь нерабочий... Читал в параллельном режиме? Программаторы обычно не отказываются читать, просто считывают кашу... AutoProg, например у меня так и в параллельном режиме и по SPI тоже делает - вроде как читает... Хоть даже вообще микроконтроллер не вставляй... А вот программатор в оболочке icc avr с кабелем, имитирующим Si-prog (он не читает, но он пишет и еще выполняет верификацию), если не может прочитать сигнатуру микрухи (или видит закрытые биты) - показывает ошибку...
А насчет денег на оборудование... Да, блин, вам же эти платы при самостоятельном изготовлении все равно обойдутся баксов в 10 каждая (с учетом деталей, монтажа, фотошаблона платы и т.д.), и то зависит от количества - уж лучше у ЧИ по 15 купить, гемора меньше... а деньги практически те же...